男科成立于2007年，距今已有10余年，创立之初即受当代中医男科创始人、中医男科奠基人、著名中医男科专家徐福松教授的指导，并依托南京中医药大学，技术力量雄厚，在社会中赞誉有加，广受患者好评。
科室秉承传统中医“辨证论治”、“方证结合”的诊疗精髓，结合现代诊疗技术，对男性疾病的治疗采用中医药治疗为主，中西医结合的治疗方式，充分发挥中医药对男科疾病的治疗优势，取得了非常显著的疗效。本科室除日常的诊疗工作外，还承担南京中医药大学相关课程的临床教学及科研工作。目前现有设备伟力精子分析仪进行精子质量与功能分析、阴茎勃起硬度检测仪等多种男科诊疗仪器。现开展的主要诊疗项目有：前列腺疾病（前列腺炎、前列腺增生）、性功能障碍（阳痿、早泄、不射精）、男性不育症（少、弱、畸形精子症）、血精、精囊疾病、精索静脉曲张、睾丸附睾炎、排尿异常及其他各种男性疾病。